1992 begannen Verantwortliche von islamischen Organisationen mit dem Aufbau einer Dachorganisation für die beiden Basel. Im Jahr 1997 wurde dann die „Basler Muslim Kommission“ als Dachverband islamischer Organisationen in den Kantonen Basel-Stadt und Baselland gegründet.
Gegenwärtig umfasst die BMK 18 Mitgliedsorganisationen:
- Arrahma-Verein
- Türkisch Islamischer Sozial- und Kulturverein beider Basel, Fetih Moschee
- Furkan Kulturverein
- Gebetsraum Drita, Pratteln
- Islamische Glaubensgemeinschaft Liestal
- Dzemat Islamische Gemeinschaft Bosniens
- Islamisches Kulturzentrum Binningen
- Islamisches Kulturzentrum Muttenz
- Islamische König Faysal Stiftung
- Islamische Verein Besimtari
- Kulturverein Paqja
- Maarif Stiftung
- Türkischer Kulturverein, Mevlana Moschee
- Moschee Kommission Basel, Kaserne Moschee
- Said-i Nursi Stiftung
- Islamische Kulturstiftung Basel
- Islamische Gemeinschaft Basel, Hicret Moschee
- Muslimische Gemeinde Basel
Organisationsstruktur der BMK
